Atas kerjasama semua warga SMSKP yang berjaya menaikkan imej sekolah dalam bidang akademik dan kokurikulum di peringkat kebangsaan dan antarabangsa, pada tahun 2013, Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu dengan rasminya telah diiktiraf sebagai Sekolah Berprestasi Tinggi (SBT) oleh Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM). Walaupun baru 4 tahun beroperasi, SMSKP telah membuktikan bahawa sekolah baharu juga boleh berdiri sama tinggi, duduk sama rendah dengan sekolah lama yang lain. Sehingga kini, Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu terus melakar kejayaan bukan sahaja di peringkat kebangsaan malah juga di peringkat antarabangsa.